سرزمین میشیگان به مدت هزاران سال متعلق به قبایل کنفدراسیون آنیشینابه — اوجیبوه (چیپوا)، اوداوا و پوتاواتومی — و همچنین قبایل وایاندوت و میامی بود. از قرن هفدهم، استعمار فرانسه و سپس بریتانیا و آمریکا این قبایل را از سرزمینهایشان بیرون راندند. پس از جنگ پونتیاک (۱۷۶۳-۱۷۶۶)، رئیس اوداوا به نام پونتیاک تلاش کرد قبایل را علیه اشغال بریتانیا متحد کند. در ۱۷۹۴، معاهده جی (Jay Treaty) کنترل بریتانیا بر دترویت را به آمریکا داد. در قرن نوزدهم، مجموعهای از معاهدات — از جمله معاهده واشنگتن (۱۸۳۶) و معاهده لار پوینت (۱۸۴۲) — اوجیبوهها را مجبور به واگذاری تقریباً تمام میشیگان علیا کرد. در ۱۸۳۸، پوتاواتومیهای میشیگان به غرب دور تبعید شدند. ۸۵۰ نفر در مسیر مرگبار «مسیر مرگ» (Trail of Death) از ایندیانا به کانزاس جان باختند. این رویداد بخشی از پاکسازی نسلکشی بومیان آمریکا بود.
در ۲۲ ژانویه ۱۸۱۳، در نبرد فرنچتاون (River Raisin Massacre) در میشیگان جنوبی، نیروهای بریتانیایی و متحدان بومی به رهبری سرهنگ هنری پروکتر به سربازان آمریکایی در حال عقبنشینی حمله کردند. پس از تسلیم آمریکاییها، متحدان بومی پروکتر حدود ۶۰ تا ۱۰۰ زخمی و اسیر آمریکایی را قتلعام کردند. فریاد «به یاد رزین» (Remember the Raisin) به شعار جنگی آمریکا تبدیل شد. این کشتار یکی از مرگبارترین وقایع جنگ ۱۸۱۲ در خاک آمریکا بود. مجموع تلفات آمریکاییها در این نبرد حدود ۴۰۰ نفر شامل کشته و اسیر بود.
میشیگان در جنگ داخلی نقش مهمی ایفا کرد. حدود ۹۰٬۰۰۰ سرباز از میشیگان در ارتش اتحادیه خدمت کردند. تیپ ۲۴ پیادهنظام میشیگان در نبرد گتیسبورگ (۱۸۶۳) نقش کلیدی داشت و متحمل ۸۰٪ تلفات شد. فرماندار آستین بلر نیروهای داوطلب را سازماندهی کرد. دترویت یک ایستگاه اصلی راهآهن زیرزمینی برای بردگان فراری بود. میشیگان همچنین به دلیل مخالفت با بردهداری و حمایت از الغا شهرت داشت.
میشیگان صحنه خشونت شدید علیه جنبش کارگری بود. در ۷ مارس ۱۹۳۲، راهپیمایی گرسنگی فورد (Ford Hunger March) در دیربورن برگزار شد. ۳٬۰۰۰ کارگر بیکار به سمت کارخانه فورد راهپیمایی کردند. پلیس دیربورن و مأموران امنیتی فورد به فرماندهی هری بنت به جمعیت تیراندازی کردند. ۴ کارگر کشته و ۵۰ زخمی شدند. رهبران اتحادیهها دستگیر شدند و محکوم شدند. در ۱۹۳۶-۱۹۳۷، اعتصاب سیتاین (Sit-Down Strike) فلینت به رهبری UAW کارخانههای جنرال موتورز را فلج کرد. فرماندار فرانک مورفی از اعزام گارد ملی برای سرکوب اعتصاب خودداری کرد. این اعتصاب منجر به به رسمیت شناخته شدن UAW شد و یک پیروزی تاریخی برای کارگران بود. اما چهل نفر از اعتصابکنندگان توسط پلیس و گارد ملی زخمی شدند.
در ۲۳ ژوئیه ۱۹۶۷، پلیس دترویت به یک باشگاه سیاهپوست در خیابان ۱۲ حمله کرد. اعتراضات به شورش تمامعیار تبدیل شد. فرماندار جورج رامنی ۸٬۰۰۰ سرباز گارد ملی و ۵۰۰ سرباز ارتش را به دترویت اعزام کرد. به مدت ۵ روز، منطقه تحت اشغال نظامی بود. ۴۳ نفر کشته شدند (بیشتر سیاهپوست)، ۱٬۱۸۹ زخمی و ۷٬۲۰۰ دستگیر شدند. خسارت مالی حدود ۴۰ میلیون دلار بود. این یکی از مرگبارترین شورشهای شهری در تاریخ آمریکاست. کمیسیون کرنر نتیجه گرفت که قیام نتیجه نژادپرستی سیستماتیک، فقر و خشونت پلیس بود. علیرغم این نتیجهگیری، هیچ اصلاح اساسی صورت نگرفت.
در آوریل ۲۰۱۴، دولت میشیگان به رهبری فرماندار ریک اسنایدر منبع آب فلینت را به رودخانه فلینت تغییر داد. آب توسط کلرید آهن تیمار نشد و باعث خوردگی لولههای سربی شد. ۱۰۰٬۰۰۰ نفر از ساکنان فلینت (۵۷٪ سیاهپوست) در معرض سرب قرار گرفتند. ۱۲ نفر از بیماری لژیونر مردند. ۸۷ نفر مبتلا شدند. دولت بحران را انکار کرد تا سال ۲۰۱۶ که وضعیت اضطراری فدرال اعلام شد. این یک جنایت علیه بشریت و نسلکشی زیستمحیطی علیه یک جامعه سیاهپوست فقیر بود. هیچ مقام ارشد دولتی زندانی نشد. اسنایدر به ۳۰ روز زندان محکوم شد.
