سیساک که در محل تلاقی رودهای ساوا و کوپا واقع شده، تاریخ نظامی طولانی به عنوان یک شهر مرزی استراتژیک دارد. این مکان در اصل سیشیا، یک سکونتگاه رومی بود که به عنوان مرکز استان پانونیا ساویا و یک مرکز نظامی مهم در امتداد مرز روم عمل می کرد.
مهمترین نبرد در تاریخ سیساک در ۲۲ ژوئن ۱۵۹۳ رخ داد، زمانی که ارتش مسیحی از پادشاهی کرواسی و اتریش داخلی به رهبری بان توماس اردودی، نیروهای عثمانی به رهبری بیگلربیگ حسن پاشا را شکست دادند. ارتش عثمانی متشکل از ۱۲,۰۰۰-۱۶,۰۰۰ سرباز در مقابل ۴,۰۰۰-۵,۰۰۰ مدافع مسیحی قرار گرفت. این نبرد با تلفات سنگین عثمانی به پایان رسید - حدود ۸,۰۰۰ کشته، از جمله خود حسن پاشا. این اولین شکست بزرگ عثمانی در شمال غربی بالکان بود و به عنوان یک پیروزی تاریخی کرواسی جشن گرفته میشود. بقایای عثمانی در تلاش برای عبور از رودخانه کوپا غرق شدند.
سیساک در طول جنگ جهانی دوم تحت حاکمیت دولت مستقل کرواسی تحت رهبری اوستاشا بود. یک اردوگاه مرگ کودکان در سیساک توسط اوستاشا تأسیس شد که در آن ۱,۱۶۰-۱,۶۰۰ کودک صرب، یهودی و کولی از گرسنگی، بیماری و تزریقات مرگبار جان باختند. در ۲۲ ژوئن ۱۹۴۱، اولین گروه پارتیزان ضد فاشیست مسلح در یوگسلاوی اشغالی - دسته آزادیبخش خلق سیساک - در جنگل برزوویتسا در نزدیکی سیساک تشکیل شد. این گروه ۷۹ نفره عمدتاً کروات بودند. در ۴ مه ۱۹۴۵، اوستاشا در حال عقبنشینی از شهر بین ۳۵۰ تا ۴۰۰ نفر را کشت.
سیساک در دست دولت کرواسی باقی ماند در حالی که مناطق جنوبی توسط صربهای شورشی کنترل میشد. این شهر توسط نیروهای صرب از مناطق تحت کنترل کرائینا به شدت گلولهباران شد و دهها تلفات غیرنظامی و خسارت گسترده به صنعت شهر وارد کرد. همزمان، نیروهای کرواسی بین ژوئیه ۱۹۹۱ و ژوئن ۱۹۹۲ مرتکب کشتار و شکنجه غیرنظامیان صرب در سیساک شدند (کشتارهای سیساک) که منجر به مرگ ۲۴-۱۰۰+ غیرنظامی صرب شد.