پیش از شهرکنشینی اروپاییان، منطقه راچستر سرزمین قوم سنکا، غربیترین قبیله کنفدراسیون ایروکوا بود. این منطقه «کشور جنیسی» نامیده میشد.
ژنرال جورج واشنگتن دستور کارزار سالیوان-کلینتون را برای نابودی ملل ایروکوا صادر کرد. روستاها و محصولات سنکا در سراسر دره جنیسی سوزانده شد.
در طول جنگ ۱۸۱۲، منطقه راچستر در مرز درگیری بین نیروهای آمریکا و بریتانیا بود. راچستر به عنوان انبار تدارکاتی برای نیروهای آمریکایی خدمت کرد.
راچستر یک مرکز کلیدی فعالیت الغاگرایانه در طول جنگ داخلی بود. فردریک داگلاس روزنامه خود ستاره شمالی را از راچستر منتشر کرد.
در ۲۴ ژوئیه ۱۹۶۴، راچستر شاهد یکی از اولین شورشهای نژادی بزرگ دهه ۱۹۶۰ بود. این قیام توسط خشونت پلیس علیه یک مرد سیاهپوست برانگیخته شد.