سینسیناتی یک پایگاه نظامی مهم در جنگ ۱۸۱۲ بود. ژنرال ویلیام هنری هریسون ارتش شمالغربی را از سینسیناتی سازماندهی کرد. فورت واشنگتن در سینسیناتی مرکز لجستیک نیروهای آمریکایی بود.
سینسیناتی در مرز بین اتحادیه و کنفدراسیون قرار داشت. در ۱۸۶۲، ارتش کنفدراسیون به رهبری ادموند کربی اسمیت سینسیناتی را تهدید کرد. به مدت دو هفته، شهر در وضعیت محاصره بود. سینسیناتی همچنین یک ایستگاه اصلی راهآهن زیرزمینی بود.
در ۹ آوریل ۲۰۰۱، پلیس سینسیناتی تیموتی توماس، یک مرد سیاهپوست ۱۹ ساله را کشت. این پانزدهمین قتل یک مرد سیاهپوست توسط پلیس از ۱۹۹۵ بود. اعتراضات به شورش تبدیل شد — ۴ روز خشونت، ۴ کشته و ۳۰۰ زخمی.