شهر هیوستون در تاریخ خود نقش مهمی در جنگها و درگیریهای نظامی آمریکا داشته است.
هیوستون به عنوان مرکز تدارکات ارتش کنفدراسیون عمل میکرد. مسیر کشتیرانی هیوستون برای حمل و نقل مهمات و تدارکات حیاتی بود. پس از جنگ داخلی، دوران بازسازی (Reconstruction) با خشونت نژادی گسترده همراه بود.
کارخانههای کشتیسازی هیوستون نقش حیاتی در تأمین نیروی دریایی آمریکا داشتند. جمعیت شهر در این دوران به سرعت رشد کرد. هزاران سیاهپوست برای کار در صنایع جنگی به هیوستون مهاجرت کردند.
هیوستون مرکز مبارزه با مواد مخدر بود که منجر به زندانیسازی جمعی سیاهپوستان و لاتینوها شد.