سن دیگو، که خود را "شهر زیباترین آمریکا" مینامد، در واقع یکی از بزرگترین پایگاههای نظامی آمریکا و مرکز صنعت نظامی-صنعتی است. تاریخ این شهر با استعمار، نظامیگری و سرکوب نژادی عجین شده است.
منطقه سن دیگو سرزمین قوم کومِیای (کومیا) بود. در سال ۱۷۶۹، فرای خونیپرو سرا اولین مأموریت فرانسیسکن کالیفرنیا را در سن دیگو تأسیس کرد. مأموریت سن دیگو دو آلکالا بومیان را به کار اجباری واداشت و بیماریهای اروپایی جمعیت آنها را نابود کرد. در سال ۱۷۷۵، مردم کومِیای در اولین قیام بومیان علیه استعمار اسپانیا، مأموریت را به آتش کشیدند.
پس از جنگ آمریکا و مکزیک، سن دیگو در سال ۱۸۴۸ به آمریکا ملحق شد. از اوایل قرن بیستم، سن دیگو به یکی از مهمترین پایگاههای نظامی آمریکا تبدیل شد. پایگاه دریایی سن دیگو و پایگاه هوایی میرامار که در فیلم تاپ گان معروف شد، نمادهای نظامیگری آمریکا هستند. این شهر محل استقرار ناوگان اقیانوس آرام نیروی دریایی آمریکا است.
سن دیگو در مرز مکزیک واقع شده و محل اصلی تشدید نظامیگری مرزی است. حصار مرزی، دهها هزار بازداشت مهاجر و مرگ صدها نفر در تلاش برای عبور از مرز، بخشی از تاریخ خشونتبار مرزی این شهر است.
در دهه ۱۹۶۰ و ۱۹۷۰، ساخت بزرگراه I-5 و پل کورونادو محله تاریخی بارریو لوگان (محله لاتینو) را دو نیم کرد و منجر به جابجایی اجباری هزاران خانواده شد.