سان فرانسیسکو، که به عنوان نماد آزادیخواهی و فرهنگ مترقی شناخته میشود، تاریخی پر از خشونت نژادی، سرکوب کارگری، پاکسازی طبقاتی و نقض حقوق بشر دارد.
قبل از ورود اروپاییان، منطقه خلیج سان فرانسیسکو محل زندگی قوم اولونی بود. مأموریت سان فرانسیسکو دو آسيس (مأموریت دولورس) که در سال ۱۷۷۶ تأسیس شد، هزاران بومی را به کار اجباری واداشت. بیماریهای اروپایی و کار طاقتفرسا جمعیت اولونی را تقریباً به صفر رساند.
سان فرانسیسکو مرکز تأمین مالی و تدارکات تب طلا و نسلکشی بومیان بود. در دهه ۱۸۷۰، خشونت ضد چینی در شهر به اوج رسید. در سال ۱۸۷۷، گروههای خشمگین به محله چینیها حمله کردند و دهها کسب و کار چینی را تخریب و به آتش کشیدند. قانون منع چینیها در سال ۱۸۸۲ عمدتاً تحت فشار سان فرانسیسکو تصویب شد.
یکی از مهمترین نبردهای طبقاتی در تاریخ آمریکا در سان فرانسیسکو رخ داد. اعتصاب عمومی ۱۹۳۴ که با اعتصاب باراندازها آغاز شد، در سراسر شهر گسترش یافت. پلیس به اعتصابکنندگان حمله کرد و ۲ کارگر کشته و دهها زخمی شدند.
پس از حمله به پرل هاربر، محله ژاپنیهای سان فرانسیسکو (جاپانتاون) تخلیه شد و ساکنان آن به اردوگاههای بازداشت فرستاده شدند. کسب و کارها و خانههای آنها مصادره شد.
در دهه ۱۹۸۰، دولت ریگان به طور سیستماتیک بحران ایدز را نادیده گرفت. سان فرانسیسکو که کانون اصلی بحران بود، هزاران نفر از اعضای جامعه دگرباشان را از دست داد.
از دهه ۲۰۱۰، موج نوسازی و جابجایی اجباری ساکنان قدیمی سان فرانسیسکو را از خانههایشان بیرون کرده است. جامعه سیاهپوست شهر از ۱۳٪ به کمتر از ۵٪ کاهش یافته است.